Barbara Nowacka tuż po zaprzysiężeniu zapowiedziała reformę programu lekcji religii w szkołach. Lekcje te miałyby mieć miejsce raz w tygodniu i być albo na pierwszej lub ostatniej godzinie, co jest i było tematem rozmów w wielu szkołach w Polsce. Z uwagi na przynależność polityczną pani minister jest to stanowisko bardzo stonowane. Nie ma w nim sugestii zmiany finansowania lekcji religii z budżetu państwa czy ich całkowitego usunięcia z programu szkolnego.

Na propozycje dość ironicznie zareagował bp Artur Miziński. Według niego ta propozycja to „poglądy” pani minister, a większość rodziców w Polsce to katolicy, którzy chcą, żeby ich dzieci były zmuszane do uczestnictwa w lekcjach religii. Biskup jednak zapomina o dzieciach z rodzin niechcących uczestnictwa w lekcjach, które są nieodpowiednio przygotowane, brak w nich podstaw merytorycznych, a często kończą się oglądaniem filmów lub wytykaniem domniemanych grzechów przez katechetów.

Zgodnie ze wspominanym przez biskupa konkordatem za program odpowiada Kościół, ale jego podstawy i forma realizacji często pozostawiają wiele do życzenia. Z roku na rok widzimy ciągły spadek chętnych mających uczestniczyć w lokacjach religii w szkole, a one same wydają się odsuwać młodych ludzi od wiary raczej, niż do niej zachęcać. 

Konstytucja w art. 53.4 gwarantuje każdej religii o uregulowanej sytuacji prawnej możliwość nauczania jej w szkole, oczywiście jeśli nie narusza to wolności sumienia czy swobody wyznania. Konkordat bardziej to zagadnienie specyfikuje w swojej treści. Jak sam biskup podkreślał, lekcje odbywają się ze względu na wolę wyrażoną przez samych zainteresowanych. Wbrew temu, co wielu księży powtarza, zainteresowanych jest coraz mniej, a powodów nieuczestnictwa jest wiele, choćby ilość zajęć w szkołach oraz priorytety rodziców i dzieci w tym wieku. Program nauczania jest przepełniony i stworzony tak, żeby rozwijać umysły młodych ludzi, a lekcje religii niestety powtarzają te same informacje w różnych formach, często opierając się na błędnych i nienaukowych teoriach, które mogą być krzywdzące dla młodych ludzi.

Niestety, konkordat gwarantuje Kościołowi katolickiemu pełną dyskrecjonalność w kwestii kształtowania programu nauczania, który po przygotowaniu podawany jest ministerstwu edukacji. Nauczyciele religii, świeccy i księża również podlegają przepisom i zasadom Kościoła, a w kwestiach niezwiązanych z nauczaniem podlegają przepisom państwowym. Wszystko to ma miejsce, mimo że ich pensje opłacane są z budżetu państwa i środków władz lokalnych. 

Rozporządzenie ministra w sprawie sposobu organizowania lekcji religii z 1992 wskazuje na 2 godziny tygodniowo. Godziny zmniejszyć można za zgodą biskupa diecezjalnego, co miało miejsce w niektórych diecezjach w Polsce np. w Warszawie. Lekcje w szkołach są tworzone dla co najmniej 7 uczniów w jednej klasie i mogą to być klasy łączone. By zniechęcić uczniów z wypisywania się z zajęć, szkoły często umieszczały je w środku dnia, co powodowało, że uczniowie musieli czekać na kolejne lekcje w świetlicy lub na korytarzu.

Mimo głosów sprzeciwu ze strony KEP propozycje reformy religii w szkołach przedstawione przez ministrę Barbarę Nowacką są możliwe bez naruszania treści konkordatu. Jednocześnie mogą stanowić zmianę w dobrym kierunku odciążenia godzinowego uczniów, jak również wpłynąć korzystnie na podejście uczniów do zajęć religii, na które według statystyk z roku na rok uczęszcza coraz mniej osób.